Σύμφωνα με την υπουργική απόφαση σκοπός της Επιτροπής είναι «η τεχνοκρατική υποστήριξη του έργου του αρμόδιου Υπουργού στο σχεδιασμό και την άσκηση της εθνικής στρατηγικής η οποία θέτει στόχους και κατευθύνσεις σε θέματα έρευνας, καινοτομίας, κατάρτισης και εκπαίδευσης στον αγροδιατροφικό τομέα. Επί πλέον θέτει στόχους και κατευθύνσεις στο πλαίσιο της ενωσιακής νομοθεσίας και των εθνικών προγραμματικών κειμένων των κρατών – μελών».