Οι Εθνικοί Κόμβοι BlueMissionMed είναι τοπικές πολυσυμμετοχικές κοινότητες που καθορίζουν τις προτεραιότητες και υλοποιούν τις δραστηριότητες του έργου BlueMissionMed, σε ευθυγράμμιση με την Αποστολή της ΕΕ «Αποκατάσταση του Ωκεανού και Υδάτων μας». Ο βασικός τους ρόλος είναι η δικτύωση ιδιωτικών και δημόσιων φορέων, εμπειρογνωμόνων και ακαδημαϊκών ιδρυμάτων, με σκοπό την ανταλλαγή γνώσεων. Οι Εθνικοί Κόμβοι BlueMissionMed παίζουν καθοριστικό ρόλο στην παροχή τεχνογνωσίας, ενδυναμώνοντας τους συμμετέχοντες να αναπτύξουν και να υλοποιήσουν τις ιδέες τους για την πρόληψη, ελαχιστοποίηση και μετριασμό της θαλάσσιας ρύπανσης πιο αποτελεσματικά.