Το βασικό πρόβλημα που αντιμετωπίζει ο ΕΛΓΑ είναι ότι όλες οι κυβερνήσεις μέχρι σήμερα διαμόρφωσαν και συντήρησαν ένα πλαίσιο λειτουργίας του το οποίο στηρίζεται αποκλειστικά στις εισφορές των αγροτών. Με βάση τον τελευταίο σχετικό νόμο (3887/2010) της κυβέρνησης του ΠΑΣΟΚ τον οποίο άφησαν μέχρι σήμερα άθικτο όλες οι επόμενες κυβερνήσεις (ΣΥΡΙΖΑ και ΝΔ), η χρηματοδότηση του ΕΛΓΑ μειώθηκε σε επίπεδα που δεν καλύπτουν ούτε τη μισθοδοσία των υπαλλήλων και τα λειτουργικά έξοδα του οργανισμού.