Η πρόσφατη κρίση με την ευλογιά των προβάτων ανέδειξε κενά και αδυναμίες του ισχύοντος πλαισίου, εφόσον οι απολυμάνσεις και λοιπές εργασίες που αφορούν τη βιοασφάλεια, όπως η Απεντόμωση και η Μυοκτονία, υλοποιούνται συχνά αποσπασματικά, χωρίς σαφή θεσμική κατοχύρωση του ρόλου των αδειοδοτημένων επιχειρήσεων Καταπολέμησης Εντόμων και Τρωκτικών και του Υπεύθυνου Επιστήμονα.