Η συνολική δημόσια δαπάνη του Προγράμματος ανέρχεται σε 11.188.000 Ευρώ, με ποσοστό συγχρηματοδότησης 85% από το ΧΜ ΕΟΧ. Την επιστημονική ευθύνη και το συντονισμό έχει η Ειδική Γραμματεία Υδάτων (ΕΓΥ) και Διαχειριστής Προγράμματος ορίστηκε η Ειδική Υπηρεσία Συντονισμού Περιβαλλοντικών Δράσεων (Ε.Υ.Σ.ΠΕ.Δ.) του Υπουργείου Περιβάλλοντος, Ενέργειας και Κλιματικής Αλλαγής (ΥΠΕΚΑ). Το Πρόγραμμα έχει ως στόχο να συμβάλει στην καλή περιβαλλοντική κατάσταση των θαλάσσιων και εσωτερικών υδάτων.