Το Τμήμα Γεωγραφίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνει και λειτουργεί το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Γεωγραφία και Εφαρμοσμένη Γεωπληροφορική» (ΦΕΚ 2778/Β’/12.07.2018), το οποίο απονέμει Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΜΣ) με ομώνυμο τίτλο, σε 3 ειδικεύσεις (πιστοποιώντας παράλληλα επιστημονική επάρκεια γνώσεων πληροφορικής και άλλων συναφών θέσεων ΑΣΕΠ στους κατόχους του Διπλώματος του) και υλοποιείται σε περιβάλλον μικτής διαδικασίας μάθησης (συνδυασμός δια ζώσης και εξ’ αποστάσεως εκπαίδευσης).